М. В. Пинегина в 1970 году закончила Московский институт электронного машиностроения, в 1980 г. получила второе образование в ФИЗТЕХе, является кандидатом экономических наук. Была экспертом в сфере управления жилищно-коммунальным комплексом и управления недвижимостью.
М. В. Пинегина является одним из учредителей Фонда "Институт экономики города". До этого работала в научно-исследовательском институте при Госплане РСФСР, а затем в Академии жилищно-коммунального хозяйства, где занималась вопросами реформирования жилищно-коммунального хозяйства.
В Институте экономики города М. В. Пинегина занималась различными вопросами, связанными с реформой жилищного коммунального комплекса, а также участвовала в разработке специализированного учебного курса по разработке социально-экономической политики. Особенностью данного курса являлось совместное обучение руководителей органов местного самоуправления и некоммерческих организаций.
Цель данного курса – ознакомление различных уровней слушателей с основными принципами разработки эффективной социально-экономической политики и инструментарием для ее осуществления. М. В. Пинегина принимала участие в чтении данного курса в различных городах РФ, а с 2007 года преподавала в различных вузах такие предметы как финансовый менеджмент и корпоративные финансы. В настоящее время является доцентом Всероссийской академии внешней торговли Министерства экономического развития Российской Федерации.