В последние годы в Российской Федерации была поставлена задача повышения самостоятельности и ответственности институциональных единиц, оказывающих бюджетные услуги. Федеральным законом в конце 2006 году в России была создана новая правовая форма автономное учреждение (АУ). Автономное учреждение обладает гораздо большими правами и ответственностью в сфере управления финансами и процессом оказания бюджетных услуг, чем существующее до настоящего времени бюджетное учреждение.
В предыдущие годы Институтом были разработаны методические подходы и рекомендации по оценке целесообразности создания и перевода муниципальных учреждений в новую правовую форму. Была разработана система критериев целесообразности перевода учреждения в форму автономного. Также было оказано содействие в фактическом переходе к новой форме нескольким муниципалитетам в разных субъектах Федерации. Сектор опубликовал ряд публикаций по теме создания и функционирования АУ и обобщил накопленный опыт в книге "Автономные учреждения: актуальные вопросы деятельности".
При этом перед администрациями муниципалитетов встала задача мониторинга и оценки эффективности деятельности созданных АУ с учетом измененных принципов взаимоотношений с учредителями, а также задача эффективного управления оказанием бюджетных услуг с использованием новой организационно-правовой формы. Мониторинг и оценка должны проводиться как с точки зрения исполнения бюджетного задания, так и с точки зрения эффективности управления финансовыми ресурсами и удовлетворенности населения оказываемыми услугами. Также необходимо проводить оценку эффективности внебюджетной деятельности АУ.